自宅macのJuliaLang環境を治す
背景
色々不具合があるので修正しよう。
brew doctor のメッセージ
Warning: You have unlinked kegs in your Cellar Leaving kegs unlinked can lead to build-trouble and cause brews that depend on those kegs to fail to run properly once built. Run `brew link` on these: cloog cloog018-julia gmp4-julia isl isl011-julia suite-sparse42-julia
取り敢えずこんな感じで実行してみよう。
brew link cloog gmp4-julia isl suite-sparse42-julia
すると、
Linking /usr/local/Cellar/cloog/0.18.4_1... 8 symlinks created Linking /usr/local/Cellar/gmp4-julia/4.3.2... Error: Could not symlink include/gmp.h Target /usr/local/include/gmp.h is a symlink belonging to gmp. You can unlink it: brew unlink gmp To force the link and overwrite all conflicting files: brew link --overwrite gmp4-julia To list all files that would be deleted: brew link --overwrite --dry-run gmp4-julia
とりあえず、次を実行
brew unlink gmp4 brew link --overwrite gmp4-julia
そんな感じで次を実行。
brew link cloog018 brew link --overwrite cloog018-julia brew link isl brew link --overwrite isl011-julia brew link suite-sparse42-julia
とりあえず何も出なくなった。
julia 起動時のエラーメッセージ
WARNING: Error during initialization of module GMP:
ErrorException("The dynamically loaded GMP library (version 4.3.2 with __gmp_bits_per_limb == 64)
does not correspond to the compile time version (version 6.1.2 with __gmp_bits_per_limb == 64).
Please rebuild Julia.")
WARNING: Error during initialization of module LinAlg:
ErrorException("could not load library "libopenblas"
dlopen(libopenblas.dylib, 1): Library not loaded: /usr/local/opt/gcc/lib/gcc/6/libgfortran.3.dylib
Referenced from: /usr/local/opt/openblas-julia/lib/libopenblas.dylib
Reason: image not found")
WARNING: Error during initialization of module CHOLMOD:
ErrorException("could not load library "libcholmod"
dlopen(libcholmod.dylib, 1): Library not loaded: /usr/local/opt/gcc/lib/gcc/6/libgfortran.3.dylib
Referenced from: /usr/local/opt/openblas-julia/lib/libopenblasp-r0.2.19.dylib
Reason: image not found")
相当やられているに違いない。
決断はすばやく。次のコマンドを実行
$ brew uninstall julia
すると、
Uninstalling /usr/local/Cellar/julia/0.5.1... (752 files, 143.6MB) julia 0.5.0 is still installed. Remove all versions with `brew uninstall --force julia`.
はい。やります。
そして julia をアンインストールし、インストールし直す。
はい。また同じエラー
面倒だなー。
homebrew 全部消去
もう面倒だからこれで。悩む必要など無い。このリンクの不具合など到底直せるわけがない。
brew remove --force --ignore-dependencies $(brew list)
emacs とか、font とか消えていったような気がしたな…。まあいいか。
再インストール時のメッセージ。
==> Installing julia from staticfloat/julia ==> Installing dependencies for staticfloat/julia/julia: gmp, mpfr, libmpc, isl, gcc, libffi, staticfloat/julia/llvm37-julia, pcre2, fftw, openssl, libssh2, libgit2, mbedtls, staticfloat/julia/openblas-julia, staticfloat/julia/arpack-julia, staticfloat/julia/suite-sparse-julia
次のメッセージでインストールが完了した。
Documentation and Examples have been installed into: /usr/local/opt/julia/share/julia Test suite has been installed into: /usr/local/opt/julia/share/julia/test To perform a quick sanity check, run the command: brew test -v julia To crunch through the full test suite, run the command: /usr/local/opt/julia/bin/julia -e "Base.runtests()" ==> Summary 🍺 /usr/local/Cellar/julia/0.5.1: 752 files, 143.6MB
念のためテスト
brew test -v julia
すごいいっぱいエラーが出るんですけど。
dlopen(libopenblas.dylib, 1): Library not loaded: /usr/local/opt/gcc/lib/gcc/6/libgfortran.3.dylib
とりあえず、現状確認。
$ ls /usr/local/opt/gcc/lib/gcc/ 7
ほう？
今なら何も消えても怖くはない。
cd /usr/local/opt/gcc/lib/gcc ln -s 7 6
どりゃ。
/usr/local/opt/gcc/lib/gcc/7/libgfortran.4.dylib
はあるみたいだけど、libgfortran.3.dylib はないらしい。
つづきは、
